Meski sirkuit Sachsenring sempat diguyur hujan, Pedro mampu mengontrol kuda besinya dengan sempurna. Pembalap asal spanyol ini berhasil menorehkan waktu 1 menit 32,228 detik. Ia pun unggul 0,076 detik atas Stefan Bradl, LCR Honda, yang berada di tempat kedua.
Posisi ketiga ditempati pembalap tim Yamaha, Jorge Lorenzo. Lorenzo membukukan waktu 1 menit 32,327 detik. Satu tingkat di bawah Lorenzo, dihuni sang juara bertahan, Casey Stoney. Pembalap asal Australia ini terpaut 0,180 detik dari Pedrosa. Sebelumnya, di sesi latihan pertama, ia berada di posisi kedua.
Setelah hanya mampu menempati urutan ke-11, pembalap Ducatti, Valentino Rossi, langsung menyodok enam tingkat dengan catatan waktu 1 menit 32,532 detik. Sedangkan rekan setim Rossi, Nicky Hayden, berada di posisi keenam. Ia berselisih 0,429 detik dari Pedrosa.
Sementara duo pembalap Yamaha Tech 3, Cal Crutchlow dan Andrea Dovizioso terlempar ke urutan ketujuh serta kedelapan. Padahal, keduanya sempat berada di tempat keempat dan kelima pada sesi latihan bebas perdana.
